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神经外科为云南省医学重点学科，拥有成熟的医护队伍及国内外先进技术，可完成难度较大的各类手术。常规开展脑外伤、脑（脊髓）肿瘤、脑血管病（如：脑动脉瘤或血管畸形）的显微手术和介入手术，以及神经系统各类先天性疾病的手术治疗。目前我科在脑血管病的手术及介入治疗，神经内镜微创手术，颅脑和脊髓肿瘤的显微手术，重型颅脑外伤的综合救治，自发性脑出血的综合救疗及干细胞的科研试验等方面处于省内先进水平。2003年在云南省首家开展神经内镜下经单鼻孔入路脑垂体腺瘤显微切除手术。在国内主要神经外科杂志均发表有神经内镜技术及显微神经外科技术相关论文，《神经内镜手术治疗脑积水的临床研究》获2009年云南省卫生科技成果三等奖。